ZOOM Lite

Beschreiwung

ZOOM Lite ass eng nächst Generatioun sequencing Daten Mapping a Visualiséierung Software. Benotzer input Referenzgenomen an Illumina/Solexa kuerz liest Dateien oder AB SOLiD Faarfraum liest Dateien a verschiddene Formater, wéi * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. ZOOM weist d'Kaartresultater vun dëse kuerzen aus. liest op der Referenzsequenz. ZOOM Lite huet e schnelle a präzise Mapping Kernel baséiert op enger nei entwéckelter Multiple Spaced Seed Theorie. Souwuel Single-End wéi och Pair-End Liesunge vu verschiddene Längte vu 15bp bis 240bp kënne behandelt ginn. All Zuel vu Mismatchen an eng Insertion/Läschung vu verschiddene Längen tëscht dem Lies a senger Zilregioun op der Referenzsequenz sinn erlaabt. Eenzegaarteg mapéiert Resultater oder bescht (Top N) Resultater fir all Liese ginn no de minimale Mismatches an Indel Längt gemellt. Qualitéitsresultater gi benotzt fir d'Kaartgenauegkeet ze verbesseren. Baséierend op dem Mapping Kernel erlaabt ZOOM Lite Benotzer lokal Liesdaten a Referenzsequenzdaten ze lueden, richteg Parameteren auszewielen, Daten mat héije Volumen parallel ënner bis zu véier CPUs ze verarbeen, déi lafend Aufgaben ze iwwerwaachen, d'Mappingsresultater ze späicheren, d'Grafike vun Mapping Resultater an Output Mapping Resultater an entweder * .BED oder * .GFF Dateiformate fir weider Ëmfro mat der UCSC Browser Track Informatioun. Mapping Resultater kënnen an all gewënschtener Skala gekuckt ginn, vun der Liesdéift Graf iwwer e ganze Chromosom bis detailléiert Sequenzausriichtungen tëscht Liesen an der Referenzsequenz. D'Benotzer navigéieren einfach a Regiounen vun Interesse einfach iwwer Klick an Drag oder Scrollen. ZOOM Lite ass eng Derivat vun der ZOOM Studio Software.